Liiton toimintaan vaikuttava päätösvalta jakautuu kahteen osaan. Ylintä päätöksentekovaltaa käyttävät liiton jäsenet liiton kokouksissa. Liiton hallitus puolestaan hoitaa liiton asioita lain ja sääntöjen sekä yhdistyksen päätösten mukaisesti.
Iso ratas
Suomen Agilityliiton ylintä päätösvaltaa käyttävät liiton varsinaiset jäsenet liiton kokouksessa. Osallistumisoikeus liiton kokoukseen on liiton varsinaisten jäsenten lisäksi myös kannatusjäsenillä sekä kunniapuheenjohtajilla ja kunniajäsenillä. Liiton varsinainen kokous pidetään vuosittain huhtikuun loppuun mennessä. Ylimääräisiä liiton kokouksia järjestetään tarvittaessa. Liiton kokouksissa varsinaisten jäsenten äänimäärä kunkin kunkin jäsenyhdistyksen jäsenten lunastamien lisenssien määrään.
Pieni ratas
Suomen Agilityliiton tarkoituksen mukaisten asioiden toteuttamisesta vastaa liiton jäsenten varsinaisissa kokouksissa valitsema hallitus. Hallituksen tehtävänä on valmistella ja toimeenpanna liiton kokouksen päätökset, edustaa yhdistystä sekä hoitaa yhdistyksen juoksevien asioiden hallinto.
Liiton päivittäisten asioiden hoitamisesta sekä hallituksen kokousten valmistelusta vastaa hallituksen valitsema toiminnanjohtaja. Toiminnanjohtajan apuna toimii toimistosihteeri.
Liiton varsinainen toiminta on jaettu koulutus-, kilpailu- ja järjestötoimintaan. Kunkin toiminta-alueen toiminnan järjestämisestä vastaa hallituksen ohjauksessa ja valvonnassa toimiva toimikunta. Toimikunnat suunnittelevat, valmistelevat ja panevat täytäntöön omaan toiminta-alueeseensa liittyviä hankkeita. Toimikuntien alaisuuteen voidaan tarvittaessa perustaa työryhmiä. Toimikuntien ja työryhmien kautta agilityn kehittämisestä kiinnostuneet henkilöt pääsevät aktiivisesti vaikuttamaan lajin kehitystyöhön.
Koulutus-, kilpailu- ja järjestötoiminnan toteuttamista tukevat erityiset tukitoiminnot.
