Suomen Agilityliiton ylintä päätösvaltaa käyttävät liiton varsinaiset jäsenet liiton vuosikokouksissa. Osallistumisoikeus liiton kokoukseen on liiton varsinaisten jäsenten lisäksi myös kannatusjäsenillä sekä kunniapuheenjohtajilla ja kunniajäsenillä. Liitolla on kaksi vuosikokousta, kevät- ja syyskokous. Ylimääräisiä liiton kokouksia järjestetään tarvittaessa. Liiton kokouksissa varsinaisten jäsenten äänimäärä on verrannollinen kunkin jäsenyhdistyksen jäsenten lunastamien lisenssien määrään.

Suomen Agilityliiton tarkoituksen mukaisten asioiden toteuttamisesta vastaa liiton jäsenten syyskokouksissa valitsema hallitus. Hallituksen tehtävänä on valmistella ja toimeenpanna liiton kokouksten päätökset, edustaa yhdistystä sekä hoitaa yhdistyksen juoksevien asioiden hallinto.

Liiton päivittäisten asioiden hoitamisesta sekä hallituksen kokousten valmistelusta vastaa hallituksen valitsema toiminnanjohtaja. Toiminnanjohtajan apuna toimivat hallinto- ja kilpailukoordinaattori ja kilpailu- ja koulutussihteeri.

Liiton varsinainen toiminta on jaettu koulutustoimintaan, kilpailutoimintaan, viestintään ja hallintoon. Kunkin toiminta-alueen toiminnan järjestämisestä vastaa hallituksen ohjauksessa ja valvonnassa työskentelevä toimikunta. Toimikunnat suunnittelevat, valmistelevat ja panevat täytäntöön omaan toiminta-alueeseensa liittyviä hankkeita. Toimikuntien alaisuuteen voidaan tarvittaessa perustaa työryhmiä. Toimikuntien ja työryhmien kautta agilityn kehittämisestä kiinnostuneet henkilöt pääsevät aktiivisesti vaikuttamaan lajin kehitystyöhön.